Publié le 21/01/2020
Les anomalies génétiques sont une cause importante de morbidité et mortalité chez les nourrissons. Les tests génétiques appropriés évitent des investigations inutiles, optimisent la prise en charge et permettent d’instituer une surveillance adéquate et fournissent une information pronostique. Sur les dix dernières années, des progrès décisifs ont été accomplis.
Les techniques d’analyse par puces à ADN puis les techniques de séquençage de dernière génération ont amélioré de façon spectaculaire les diagnostics génétiques en cas de malformations et de retards du développement en comparaison du caryotype standard.
L’implantation de ces nouvelles techniques a amélioré de façon décisive les diagnostics dans les unités de soins intensifs en néonatologie (USIN) mais a soulevé de nouveaux problèmes posés par la signification à donner à de petites délétions ou autres anomalies.
Les néonatologistes et généticiens de l’hôpital d’enfants de Melbourne ont comparé les investigations génétiques sur trois années différentes : 2007, patients explorés par caryotype, 2011 après l’introduction des puces à ADN (ou sondes moléculaires) et 2015 après mise en œuvre des techniques de séquençage d’un exome entier ou du génome dans sa totalité. Les patients explorés en USIN (à l’exception de ceux atteints de cardiopathies sévères et des malades nécessitant une oxygénation extracorporelle) avaient moins d’un an.
Du caryotype au séquençage du génome
Le nombre de patients adressés pour une consultation génétique a augmenté de 44 en 2007 à 95 en 2015. Pendant la période, le nombre d’admission a cru de 23 % et la proportion d’avis génétiques de 6 % à 11 %. En 2007, parmi les 44 patients adressés, 33 étaient supposés avoir une anomalie génétique qui a été confirmée 7 fois par le caryotype (21 %).
En 2011, 30 des 52 patients étaient suspects de maladie génétique (58 %) et 11 ont eu un diagnostic principalement par puce à ADN (37 %). En 2015, sur 56/95 patients suspects (59 %), 29/56 (53 %) ont obtenu confirmation par technique cytogénétique ou moléculaire avec un déplacement des anomalies chromosomiques primaires vers un large éventail de maladies mono-géniques diagnostiquées en premier échelon par sonde moléculaire.
L’âge moyen du diagnostic en 2015 était de 19 jours (de 12 à 38 jours) pour les anomalies chromosomiques et de 138 jours (de 10 à 309 jours) pour les maladies mono-géniques.
Parmi les patients vus par le généticien, 3 avaient eu un caryotype in utero en 2007 avec ou sans hybridation in situ (FISH), 5 en 2011 et 9 en 2015 par sonde moléculaire.
Ce travail illustre les progrès considérables accomplis dans les diagnostics génétiques en moins de 10 ans. L’impact en est très important pour la prise en charge des patients et l’information à apporter aux parents.
Pr Jean-Jacques Baudon
RÉFÉRENCE : Tan TB et coll. : Diagnostic and service impact of genomic testing technologies in a neonatal intensive care unit. J Pediatr Child Health 2019; 55: 1309-1314
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